Under perioden 2001 - 2008 finansierade Mistra 30 idéstödsprojekt.Syftet med Mistras idéstöd var att bidra till att förverkliga nyskapande forskningsprojekt med stor potential för en bättre miljö. Ett idéstödsprojekt skulle ha starka inslag av djärvhet, originalitet och kreativitet. Forskningen skulle vara upptäckande, nytänkande och/eller omprövande. Forskningen kunde också uttryckligen utmana eller ifrågasätta etablerade synsätt.
